Kaprálův mlýn je modelovou ekologicky šetrnou budovou s provozem v nízkoenergetickém standardu. Vytápění areálu je řešeno tepelnými čerpadly země-voda, v příhodném období kombinovanými se solárním systémem. Nízkopotenciální zdroje jsou špičkově vykrývány kotlem na biomasu. Ohřev teplé vody a přitápění je řešeno polem 24 kusů vakuových kolektorů. Vytápění je řízeno individuální regulací místností konfigurovatelné přes PC. Sprchy jsou pak vybaveny rekuperací teplé vody (využití odpadní vody k ohřevu přicházející studené vody) a učebny a kuchyně rekuperací vzduchu.
Z hlediska pobytu více skupin tvar mlýna vychází z původních historických prostor. Právě nutnost respektovat původní tvar budovy z důvodu lokalizace stavby v CHKO byla hlavním limitem pro řešení v pasivním standardu.
Při stavbě byly využity ekologicky šetrné materiály: slámokarton místo sádrokartonu, hliněné omítky a významný je i podíl dřeva v interiérech.
Nedílnou součástí provozu střediska je snaha o maximální ekologickou šetrnost, která se projevuje v důsledném třídění odpadů, používání šetrných čistících prostředků, recyklovaných materiálů apod.
V roce 2015 byla dokončena budova domu pro ubytování dobrovolníků, která jde ještě o krok dál v ekologické šetrnosti – je postavená z materiálů s nízkou uhlíkovou stopou (dřevo, sláma, hlína). Podstatnou část elektřiny produkují fotovoltaické panely, které jsou využity rovněž k dohřevu teplé vody.
Díky počáteční investici do ekologicky šetrných technologií pokryté částečně z grantu má Kaprálův mlýn velmi nízké provozní náklady.